Az animének rengeteg műfaja létezik, ahogy a hagyományos, élőszereplős mozinak is. Kaland, sci-fi, gyerekmesék, romantika, középkori fantasy, erősen pornográf (hentai), okkult/horror, akció és dráma, a teljesség igénye nélkül.

A legtöbb anime átmenetet képez több műfaj között, és többfajta motívumot tartalmaz. Így az egyes filmek kategóriákba szorítása nehézségekbe ütközhet. Előfordul, hogy egy animének látszólag egyszerű története van a felszínen, de ezzel egyidőben létezik egy bonyolultabb, mélyebb cselekmény és karakterfejlődés. Szokásos, hogy egy akciódús anime humoros, romantikus vagy akár szívbe markoló elemeket is magában foglal. Ugyanúgy előfordulhatnak egy elsősorban romantikus animében erős akciójelenetek.

Anime- és manga-specifikus műfajok:

• Bishōjo: japánul 'gyönyörű lány', olyan animék összefoglaló neve, amikben csinos lányok szerepelnek, például a Magic Knight Rayearth
• Bishōnen: japánul 'gyönyörű fiú' olyan animék összefoglaló neve, amikben szép és elegáns fiúk vagy férfiak szerepelnek, például a Fushigi Yugi
• Ecchi: japánul 'illetlen szexualitás'. Könnyű szexuális humort tartalmaz, például a Love Hina.
• Hentai: japánul 'abnormális' vagy 'perverz', általában nyugaton pornografikus vagy erotikus animét értik alatta. Japánban ezeket Poruno vagy Ero címen keresik.
• Josei: japánul 'fiatal nő', olyan anime vagy manga aminek fiatal nők képezik a célközönségét, ez az egyik legritkább műfaj.
• Kodomo: japánul 'gyerek', kisgyermekek számára készült anime vagy manga, ilyen például a Doraemon.
• Mecha: óriás robotokat felvonultató anime vagy manga, mint például a Mobile Suit Gundam.
• Moé: olyan anime vagy manga amiben nagyon pajkosak vagy cukik a szereplők, ilyen például a Little Snow Fairy Sugar.
• progresszív: „művészfilmek”, vagy nagyon stilizált animék, például a Voices of a Distant Star.
• Seinen: a Shōnenhez hasonlít, de tinédzserek vagy fiatal férfiak számára készül, például az Oh My Goddess!.
• Sentai/Super Sentai: szó szerint „harci alakulat”, ezekben szuperhős-csapatok szerepelnek, ilyen például a Cyborg 009.
• Shōjo: japánul 'fiatal hölgy' vagy 'kislány', lányok számára készített animék, ilyen például a Fruits Basket.
• Mahō Shōjo: a Shōjo alműfaja 'Magical Girl' történetekkel, mint pl. a Sailor Moon.
• Shōjo-ai: japánul 'lányszerelem', olyan animére vagy mangára utal, amik női szereplők közötti szerelemre vagy románcra fókuszálnak. A shōjo műfajába sorolják, mivel leginkább fiatal lányoknak szánt animékről/mangákról van szó. Ilyen például a Revolutionary Girl Utena.
• Shōnen: japánul 'fiúk', azaz fiúk számára készített anime vagy manga, mint pl. a Dragon Ball Z.
• Shōnen-ai: japánul 'fiúszerelem', férfi szereplők közötti szerelemre vagy románcra fókuszál, Japánban egyre kevésbé használják ezt a kifejezést, mivel a pedofíliára utalhat, ezért inkább a "Boys Love"-ot (BL) használják. Gyakran a shōjo mangák közés sorolják őket, mivel olvasóik letöbbször fiatal lányok. A stílus egyik jellemző képviselője a Gravitation.
• Yaoi: a shōnen-ai erotikusabb változata. Míg a shōnen-ai mangákban maximum csókjelenetek vannak, addig a yaoi gyakran tartalmaz részletesen megrajzolt szexjeleneteket.
• Yuri: A shōjo-ai erotikusabb formája, ugyanaz igaz rá, mint a yaoira és a shōnen-ai-ra.